コマンドでACL変更

icacls.exe
subinacl.exe

icaclsコマンドでファイルの所有者を変更する
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/1319isetown/isetown.html

subinaclコマンドでオブジェクトの所有者やプライマリ・グループを変更する
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/1330subrepl/subrepl.html

コマンドラインでレジストリのアクセス権を設定するには、subinacl.exe を使用します。
http://www.grot3.com/acl/racl/racl.html